Nouveau variant Covid-19

Bonjour,

Vous souhaitez savoir comment se manifeste le nouveau variant du Covid-19.

Tout d’abord, afin de faire le point sur les différents variants du Covid-19, nous vous proposons la lecture d’un article du site de vulgarisation scientifique Futura Santé :

L'émergence au Royaume-Uni et en Afrique du Sud de deux nouveaux variants du Sars-CoV-2, plus contagieux selon les premières données, inquiète au plus haut point la communauté internationale. Faisons le point sur ces deux mutations. En premier lieu, que sont ces variants ? Tous les virus mutent. Ces mutations sont des modifications qui interviennent lorsqu'ils se répliquent. Les scientifiques ont observé de multiples mutations du Sars-CoV-2 depuis son apparition, la grande majorité sans conséquence, mais certaines peuvent lui donner un avantage pour sa survie, dont une plus grande transmissibilité.
Détecté en novembre au Royaume-Uni, le variant B.1.1.7, désormais appelé VOC 202012/01, trouve « probablement » son origine dans le sud-est de l'Angleterre en septembre, selon l'Imperial College de Londres. Il s'est rapidement étendu dans tout le Royaume-Uni et a désormais été détecté dans des dizaines de pays du monde, des États-Unis à la Corée du Sud en passant par l'Inde, la France ou le Danemark.
La plupart de ces cas sont liés au Royaume-Uni mais, pour quelques-uns, aucun lien avec ce pays n'a pu être retracé, ce qui prouve que ce variant s'est déjà implanté localement. C'est ce qui se passe au Danemark, un des pays qui séquence le plus d'échantillons, et où 86 cas ont été identifiés -- avec une fréquence en hausse.Un autre variant, appelé 501.V2, est désormais majoritaire en Afrique du Sud. Il a été détecté dans des échantillons remontant au mois d'octobre, puis a été repéré dans quelques autres pays du monde, notamment le Royaume-Uni et la France.
Pour les deux variants, les cas sont probablement sous-estimés, selon les experts.
Deux variants hautement transmissibles
Ces deux variants présentent plusieurs mutations dont l'une, nommée N501Y, est au centre de toutes les attentions. Elle se situe sur la protéine spike du coronavirus, une pointe à sa surface qui lui permet de s'attacher au récepteur ACE2 des cellules humaines pour les pénétrer et joue ainsi un rôle clé dans l'infection virale.
Cette mutation N501Y est connue pour augmenter les capacités d'attachement du virus au récepteur ACE2. « Il n'y a pas de relation clairement établie entre l'attachement à l'ACE2 et une transmissibilité accrue, mais il est plausible qu'une telle relation existe », estime le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC).
Plusieurs études scientifiques, pas encore évaluées par les pairs et se basant principalement sur des modélisations, concluent que le variant britannique est largement plus transmissible. Cela confirme les évaluations initiales du groupe de chercheurs NERVTAG qui conseille le gouvernement britannique, qui estimait que la transmission est accrue de 50 à 70 %. Ainsi, selon les calculs de la London School of Hygiene and Tropical Medicine (LSHTM), le variant britannique serait 50 à 74 % plus contagieux.
[…]
Le variant britannique, c'est « vraiment l'inquiétude du moment [car] il peut nous précipiter dans une situation extrêmement complexe », a prévenu lundi, sur la radio France Info, l'épidémiologiste Arnaud Fontanet, membre du Conseil scientifique qui guide le gouvernement français. Par ailleurs, les premières études sur le variant britannique font également état d'une plus grande contamination des jeunes de moins de 20 ans, ce qui repose la question de l'ouverture ou non des écoles. Ainsi, l'étude de la LSHTM estime que des mesures de restrictions telles que le confinement en place au Royaume-Uni en novembre ne seraient pas suffisamment efficaces pour contrôler l'épidémie, « à moins que les écoles, lycées et universités soient également fermés.

https://www.futura-sciences.com/sante/actualites/coronavirus-covid-19-sait-on-deux-variants-coronavirus-79909/

L’apparition des différents variants étant très récente, très peu d’articles scientifiques ont déjà été publiés.

Nous avons cependant repéré un article de la Revue médicale suisse qui s’appuie sur un article scientifique anglais non encore relu par les pairs mais revu par l’infectiologue Pascal Meylan : Estimation de la transmission du nouveau variant SARS-CoV-2 détecté en Angleterre

Dans un papier encore non revu par les pairs, Davies et coll. expliquent à l'aide d'un modèle pourquoi le variant VOC 202012/01 est associé à une plus grande transmission. 
Dans un papier encore non revu par les pairs, mais provenant d’une institution reconnue pour la qualité de ses travaux (Centre for Mathematical Modelling of Infectious Diseases London School of Hygiene and Tropical Medicine de Londres), Davies et collaborateurs ont analysé à l’aide d’un modèle les caractéristiques du variant SARS-CoV-2, VOC 202012/01, permettant d’expliquer au mieux son comportement épidémiologique ainsi que de prédire son impact sur le déroulement de l’épidémie ces prochains mois. […] Néanmoins, la transmissibilité accrue va probablement conduire à une augmentation importante de l’incidence, avec des hospitalisations et des décès en 2021 plus élevés qu’en 2020, même si les mesures de distanciation régionales mises en place avant le 19 décembre sont maintenues. Leurs estimations suggèrent que d’aussi sévères mesures que celles mises en place lors du « national lockdown » en Angleterre en novembre 2020 ont peu de chances de réduire le nombre effectif de reproduction Rt (ou Re) à moins de 1, à moins que les écoles primaires, secondaires et les universités ne ferment aussi. Ils projettent qu’une forte résurgence du virus est probable si les mesures de contrôle étaient relâchées. Ils concluent qu’il pourrait être nécessaires d’accélérer grandement les campagnes de vaccination (de 200'000 à 2 millions de vaccinations par semaine) pour qu’elles aient un impact appréciable en termes de morbidité et de mortalité.

https://www.revmed.ch/covid-19/Estimation-de-la-transmission-du-nouveau-variant-SARS-CoV-2-detecte-en-Angleterre

En complément, nous vous proposons des synthèses de vulgarisation proposées par des sites plus grand public :

- The Conversation : Nouveau variant du coronavirus SARS-CoV-2 détecté en Angleterre : que faut-il savoir ? (21/12/20)

Un nouveau variant du coronavirus SARS-CoV-2, le virus responsable de la Covid-19, pourrait être à l’origine d’une transmission accrue de cette maladie dans certains endroits du Royaume-Uni. […]
Pour comprendre les implications de cette découverte et faire le point sur ce que nous savons pour l’instant, The Conversation a interrogé Lucy van Dorp, chercheuse en génomique microbienne et experte de l’évolution des pathogènes. […]
Le profil génétique - ou génome - de ce variant est porteur de 14 mutations, dont sept sont situées dans les régions codant pour la protéine Spike, qui sert de médiateur pour l’entrée du virus dans les cellules humaines. Il s’agit d’un nombre de modifications relativement important par rapport aux nombreuses variantes en circulation dans le monde.[…]
Grâce au partage des données, à la surveillance génomique et aux résultats des tests COVID-19 menés au Royaume-Uni, on constate que ce variant semble commencer à prendre le pas sur les autres. Il pourrait être responsable dans certaines régions du pays d’un nombre de cas de Covid-19 croissants, en particulier dans les endroits où ledit nombre augmente rapidement. […]
Ce nouveau variant est-il plus dangereux ?
Le médecin en chef Chris Whitty a déclaré sans ambiguïté qu’il n’y avait pas de preuve à ce jour que ce variant du SARS-CoV-2 modifie la gravité de la maladie, que ce soit en termes de mortalité ou de sévérité des cas développés par les personnes infectées. Des travaux sont en cours pour le confirmer. […]

https://theconversation.com/nouveau-variant-du-coronavirus-sars-cov-2-detecte-en-angleterre-que-faut-il-savoir-152398

- Science et vie : Mutations du Covid-19 : ce que les scientifiques savent de la nouvelle souche du Royaume-Uni (22/12/20)

[…]
Est-elle vraiment plus contagieuse?
La flambée épidémique observée en Grande-Bretagne est-elle directement liée à ces mutations? Difficile de l’assurer.
D'après les modélisations publiées dans un rapport du ministère de la Santé anglais, cette nouvelle souche est associée à un taux de reproduction (nombre moyen de nouveaux cas causés par une personne infectée dans une population sans immunité) augmenté de presque 0.6, ce qui accélère fortement une épidémie.
« Cette variante est fortement associée aux endroits où nous constatons une augmentation des taux de covid-19, a déclaré Nick Loman, professeur de génomique microbienne et de bioinformation à l'université de Birmingham, au Science Media Centre le 15 décembre. C'est une corrélation, mais nous ne pouvons pas dire qu'il s'agit d'un lien de causalité. Il y a une croissance frappante de cette variante, c'est pourquoi nous sommes inquiets, et elle nécessite un suivi et une enquête urgents. »
[…]
Cette souche est-elle plus dangereuse?
Virus plus infectieux ne signifie pas forcément plus dangereux. La variante D614G par exemple, celle qui circule le plus au Royaume-Uni, est plus contagieuse, mais n’a pas été associée à une forme plus sévère de la maladie.
En l’occurrence, cette souche B.1.1.7 ne semble pas avoir une virulence particulière. Pour autant, cette souche présente au niveau de la Spike un effacement –une délétion- de nucléotides (appelée 69-70del) déjà décrite comme permettant d’échapper au système immunitaire humain. Cette délétion, ou "perte" d’un fragment d’ADN, a déjà été observée dans de multiples lignées liées à plusieurs mutations, comme par exemple, dans l'épidémie associée au vison au Danemark, sur fond de mutation Y453F.
Cette modification pourrait entrainer une plus grande difficulté pour les anticorps à se fixer sur le virus. Pas de panique: Cela ne remet pas forcément en défaut notre immunité naturelle, mais pourrait poser quelques problèmes sur les immunodéprimés. « Les traitements qui leur sont destinés à base d’anticorps pourraient être moins efficaces », avance le virologue français.
La croissance rapide de cette variation du virus demandera certainement une surveillance génomique et épidémiologique mondiale renforcée.
L’efficacité du vaccin est-elle remise en cause?
Le rapport britannique CoG-UK du 19 décembre indique qu’« à l'heure actuelle, il n'y a aucune raison de croire que l'une des mutations évoquées affectera l'efficacité du vaccin».
« Le nouveau variant présente des mutations au niveau de la protéine S qui est ciblée par les trois principaux vaccins, écrit le British Medical Journal. Cependant, les vaccins produisent des anticorps ciblant de nombreuses régions de la protéine S, il est donc peu probable qu’un seul changement rende le vaccin moins efficace. » […]

https://www.science-et-vie.com/corps-et-sante/mutation-du-covid-19-ce-que-les-scientifiques-savent-de-la-nouvelle-souche-du-ro-60695

- France info : Covid-19 : l'article à lire pour comprendre le nouveau variant du coronavirus qui sévit au Royaume-Uni / Benoît Jourdain - Louis San
Publié le 23/12/2020 07:01 Mis à jour le 23/12/2020

Ce variant du Sars-CoV-2, impliquant plusieurs mutations génétiques, inquiète les autorités sanitaires de nombreux pays. Elles craignent une contagiosité accrue, bien qu'aucun lien direct ne soit établi pour l'heure entre son émergence et l'accélération des contaminations outre-Manche.

https://www.francetvinfo.fr/sante/maladie/coronavirus/covid-19-l-article-a-lire-pour-comprendre-le-nouveau-variant-du-coronavirus-qui-sevit-au-royaume-uni_4229395.html

- Le Monde : Covid-19 : neuf questions sur le nouveau variant du SARS-CoV-2 observé au Royaume-Uni / Sandrine Cabut, Gary Dagorn et Assma Maad (21/12/20 ; mis à jour 31/12/20)

Un variant du virus, porteur de plusieurs mutations génétiques, semble être associé à une hausse brutale du nombre de cas dans la région de Londres, et à une congatiosité accrue, selon des travaux préliminaires. […]
- Quel est ce nouveau variant du SARS-CoV-2 ?
Appelé VUI-202012/01 (variant under investigation n° 1 du mois de décembre 2020), ce variant du SARS-CoV-2 présente au total 17 mutations de son génome par rapport au coronavirus qui avait été séquencé en janvier 2020 à Wuhan.
Huit de ces 17 mutations impliquent la protéine de spicule présente sur la surface du virus, celle-là même qui donne au virus sa forme de couronne et qui lui permet d’infecter certaines cellules humaines (porteuses du récepteur ACE2).
Parmi elles, deux sont surveillées de près en raison de leur emplacement stratégique sur la protéine de spicule : N501Y et P681H. Ces deux mutations ont été observées indépendamment l’une de l’autre depuis plusieurs mois, mais n’ont jamais été combinées avant la détection de ce variant.

https://www.lemonde.fr/les-decodeurs/article/2020/12/21/neuf-questions-sur-le-nouveau-variant-du-sars-cov-2-observe-au-royaume-uni_6064152_4355770.html

Concernant le variant sud-africain, nous vous proposons la lecture des articles suivants :

- Sciences et Avenir : Covid-19 : que sait-on de la variante sud-africaine du virus ?/ Coralie Lemke  (31.12.2020)

Frontières fermées avec la Grande-Bretagne, quarantaine imposée aux voyageurs britanniques en Suisse... Le variant britannique du SARS-CoV-2 a beaucoup fait parler de lui récemment. Mais ce n'est pas la seule variante importante du virus identifiée à travers le monde. Une autre forme apparue en Afrique du Sud a également été repérée. Mais que sait-on de cette variante sud-africaine du virus ? Une étude publiée en pré-print (non validée encore par un comité de lecture scientifique) et un point d'information ministériel permettent d'y voir plus clair.
[…] Appelée "501.V2", cette variante "semble également se concentrer dans les régions du sud et du sud-est de l'Afrique du Sud", explique le Dr Julian Tang, professeur de virologie honoraire à l'Université de Leicester dans une déclaration au Science Media Center. Elle aurait émergé "dans la région de Nelson Mandela Bay", au sud-est du pays avant de s'étendre vers "Le Cap, la région la plus touristique du pays", vers l'ouest ainsi que vers le nord en direction de Durban, selon Tulio de Oliveira, le directeur de l'institut de recherche KRISP, adossé à l'Université du Kwazulu-Natal. Selon l'institut de recherche, 80% à 90% des génomes séquencés à partir de la mi-novembre dans le pays présenteraient cette variante. […]
- Une variante plus infectieuse ?
"Pour le moment, nous ne savons pas ce que ces caractéristiques signifient au sujet de l'infectiosité (la transmissibilité) du virus et son impact sur la sévérité de la maladie", explique le Pr Lawrence Young. Certains indices, comme les mutations repérées au niveau de la protéine de pointe, laissent penser que la variante sud-africaine - tout comme celle de Grande-Bretagne - pourrait toutefois être plus infectieuses. Cependant, les variantes sud-africaines et britanniques sont loin d'être les deux seules mutations dans ce cas. "Des variantes du SARS-CoV-2 existent depuis le début de la pandémie et sont le produit du processus naturel par lequel les virus se développent et s'adaptent à leurs hôtes à mesure qu'ils se répliquent. La plupart de ces mutations n’ont aucun effet sur le comportement du virus, mais elles peuvent très rarement améliorer la capacité du virus à infecter et/ ou à devenir plus résistant à la réponse immunitaire de l’organisme. Plusieurs milliers de ces mutations ont déjà été identifiées avec environ 4.000 mutations de pointe trouvées dans différents virus du monde entier." En plus de cela, la variante 501.V2 "présente également des prélèvements de diagnostic de charges virales plus élevées - ce qui peut la rendre plus transmissible via les aérosols produits pendant la respiration et la conversation", précise le Dr Julian Tang. Encore un argument en faveur d'une plus haute transmissibilité. Les chercheurs travaillent désormais sur l'effet des mutations sur les liaisons avec le récepteur ACE2, la "porte d'entrée" du virus dans l'organisme.

https://www.sciencesetavenir.fr/sante/covid-19-que-sait-on-de-la-variante-sud-africaine-du-virus_150479

- France Inter : Covid-19 : après le variant britannique, le variant sud-africain détecté en France / Sophie Bécherel (01/01/21)

[…] De temps en temps, toutefois, ces mutations jouent, à l'inverse, en faveur du virus, explique Etienne Decroly, chercheur CNRS au laboratoire Architecture et fonction des macromolécules biologiques : "Rarement il arrive qu'une mutation puisse conférer un avantage sélectif, c'est-à-dire permettre au virus de mieux se propager. Ça ne veut pas dire qu'il soit nécessairement plus pathogène, mais juste qu'il va être plus en capacité d'infecter largement les populations. Donc ces virus, il faut les surveiller avec attention, car ce sont des mutants qui peuvent poser des problèmes de santé publiques importants."
C'est le cas de ces deux nouveaux variants britannique et sud-africain. Parmi les mutations, huit concernent la protéine Spike, celle qui sert au virus à s'attacher, puis à entrer dans nos cellules. Cela facilite la contagiosité du virus. Dans un cas sur trois, une étude a montré qu'il générait une forte charge virale. Le risque d'un coup de fouet épidémique n'est pas exclu. Et contre cette nouvelle menace, il n'y a pour l'instant que deux parades : le vaccin et les gestes barrière.

https://www.franceinter.fr/sciences/covid-19-apres-le-variant-britannique-le-variant-sud-africain-detecte-en-france

- Le Monde : Afrique du Sud : un variant du virus déjà très installé / Par Mathilde Boussion (21/12/2020) :

[…] Comme tous les organismes, les virus évoluent afin d’assurer leur survie, rappelle le professeur Salim Abdool Karim. Or, « développer leur capacité à se transmettre est leur moyen de lutter contre l’extinction. Aussi, en général, les virus ont tendance à devenir plus contagieux mais moins graves, moins pathogènes et moins mortels au fil du temps », ajoute le médecin.
En Afrique du Sud néanmoins, « les cliniciens sur le terrain nous ont fait savoir qu’ils ont l’impression de voir plus de jeunes gens gravement malades. Nous essayons de comprendre si ce phénomène est lié au nouveau variant du virus ou simplement au fait que plus de jeunes gens sont infectés actuellement », poursuit le professeur Richard Lessells du laboratoire Krisp. La deuxième vague sud-africaine, qui se propage plus rapidement dans certaines provinces que la première, est en effet emmenée par les 15-19 ans qui ont fêté la fin de leurs examens début décembre. […]
Le 4 décembre, constatant l’importance prise par la variante « 501.V2 » dans les échantillons séquencés en Afrique du Sud, le professeur Tulio de Oliveira a alerté l’Organisation mondiale de la santé (OMS). « Il les a avertis de cette découverte avant même que nous ayons pu en saisir la signification, ajoute le professeur Richard Lessells. Les spécialistes du Royaume-Uni ont alors analysé leurs données pour voir s’il y avait des séquences similaires. Et c’est là qu’ils ont découvert la présence, chez eux aussi, d’un variant. Les mutations repérées en Afrique du Sud et au Royaume-Uni ne sont pas les mêmes, mais ces deux évolutions ont en commun une des mutations que nous estimons importantes. » […]

https://www.lemonde.fr/afrique/article/2020/12/21/afrique-du-sud-un-variant-du-virus-deja-tres-installe_6064147_3212.html

Lors de nos recherches documentaires, c’est la contagiosité des nouveaux variants qui est systématiquement citée. Nous n’avons pas trouvé d’information relative à des symptômes différents du Covid-19.

Nous espérons que ces informations vous seront utiles et restons à votre disposition pour toute recherche d’information dans le domaine de la santé.

L’Equipe des documentalistes de Questions-santé,
Le service de réponses en ligne de la Cité de la santé.
Service Questions-santé            
http://www.cite-sciences.fr/fr/au-programme/lieux-ressources/cite-de-la-sante/

Réponse du 07/01/21