Coronavirus : ce que sait la science !

S. Mais où est passé le pangolin ?

L’origine du SARS-CoV-2 demeure mystérieuse. On a soupçonné le pangolin d’avoir joué le rôle d’intermédiaire permettant au virus d’infecter l’humain. Est-il toujours le principal suspect ?

96 % : c’est le taux de ressemblance entre le génome du SARS-CoV-2 et celui d’un autre coronavirus présent chez une espèce de chauve-souris vivant en Chine. Voilà qui accrédite l’hypothèse d’une émergence (voir question I), en l’occurrence le passage du virus de la chauve-souris à l’espèce humaine.
Cependant, ce virus de chauve-souris ne peut infecter directement les cellules humaines : sa protéine de surface (S) est trop différente de celle qui permet au SARS-CoV-2 de pénétrer dans nos cellules.
C’est là qu’intervient le pangolin. Car on a trouvé, chez certains spécimens, un coronavirus qui possède un gène capable de produire des protéines S très similaires à celles du SARS-CoV-2.
À partir de cette similarité, des chercheurs ont alors imaginé le scénario suivant : un pangolin porteur de ce coronavirus se retrouve également infecté par le coronavirus de la chauve-souris. Les deux virus se recombinent, prouesse courante dans cette famille de virus. Résultat : après être passé par cet animal, le nouveau virus recombiné possède le gène qui code la bonne protéine S. 
Mais les ressemblances se sont révélées trompeuses.
La portion génétique du coronavirus trouvé chez le pangolin est trop différente de celle qui permet de produire la protéine du SARS-CoV-2.
Et c’est en fait un virus identique à 99 % (et non 96 %) qui pourrait accéder au titre de plus proche ancêtre du SARS-CoV-2. Les analyses de biogénétique ont montré que le virus responsable de la Covid -19 ne descend pas en droite ligne des coronavirus déjà trouvés chez la chauve-souris. Ils sont cousins, puisqu’il faut remonter au moins quarante ans en arrière pour trouver leur ancêtre commun. Et même cousins éloignés ! Le virus dont découle le SARS-CoV-2, juste avant qu’il n’infecte l’espèce humaine, est donc encore à découvrir. Et l’hôte qui l’héberge peut être un pangolin ou un tout autre mammifère.